①登記手続
設立の認証がされた団体は、認証書が到達した日から2週間以内にその主たる事務所の所在地を管轄する法務局において、設立登記をしなければいけません。設立登記をすることで初めてNPO法人が成立します。
＜必要書類＞
| No. | 提出書類の名称又は種類 | 内 容 | 部数 |
| 1 | 登記申請書 | 様式は特に決まっていませんが、用紙サイズはB4又はB5を使用します。記入事項は表1を参考にして下さい。 | 1部 |
| 2 | 登記用紙 | 法務局指定の用紙を使用。記入事項は表2を参考にして下さい。 | 1部 |
| 3 | 認定書 | NPO法人の認定書を複写します。 | 1部 |
| 4 | 定款 | NPO法人の定款を複写します。 | 1部 |
| 5 | 財産目録 | NPO法人の財産目録を複写します。 | 1部 |
| 6 | 就任承諾書 | NPO法人の理事全員分の就任承諾書を複写します。 | 1部 |
| 7 | 印鑑届書・印鑑紙 | 法人の代表者印を届出ます。用紙は登記所にあります。 設立登記に必要なので、設立登記申請時に合わせて提出します。 |
1部 |
| 8 | 委任状 | 代表者以外の人が設立登記申請を行う場合に必要です。 | 1部 |
| 名称 | ローマ字の場合でもH14年11月1日より登記が可能 |
| 主たる事務所 | ○丁目○番○号のように省略せずに記入 |
| 登記の事由 | 「平成○年○月○日 認証手続き終了」と記入 日付は認証の年月日（認証書を参照） |
| 登記すべき事項 | 「別紙のとおり」と記入 |
| 認証書到達の年月日 | 認証書を受け取りに行った日又は郵送で届いた日 |
| 添付書類 | 「定款1通 設立認定書1通 理事の就任承諾書○通（理事全員分） 財産目録1通 委任状○通（必要であれば） 」と記入 |
| 申請年月日 | 法務局に申請する日付 |
| 申請者 | NPO法人の住所を記入、その下に「申請人 特定非営利団体○○」を記入して法人印を押印 |
| 理事 | 代表者の住所を記入、その下に「理事 ○○○○（名前）」を記入 |
| 申請代理人 | 代理人の住所を記入、その下に「申請代理人 ○○○○（名前）」を記入して押印 |
| 宛先 | 申請する法務局の名前を記入「○○法務局○○支局 御中」 |
| 登記事項 | 内容 |
| 目的及び業務 | 定款に記載した法人の目的と特定非営利活動に係る事業及び収益事業等、定款に記載している事業全てを記入 |
| 名称 | 定款に記載した通りに記入 |
| 事務所 | 事務所の所在地を○丁目○番○号と省略せずに記入 |
| 代表権を有する者の氏名、住所及び資格 | 理事全員について氏名、住所を記入 資格とは理事長、副理事長であっても全員「理事」と記入 |
| 存立時期又は解散事由を定めたときは、その時期又は事由 | 定款に記載した存立時期又は解散事由を記入 |
| 資産の総額 | 正味財産を記入（資産－負債） 正味財産がない場合は「資産総額0円」と記入 債務超過の場合は「資産総額0円（債務超過額○円）」と記入 |
②所轄庁への登記完了の届出
設立の登記が完了したときは、遅滞なく次の書類を所轄庁に提出しなければいけません。
| No. | 提 出 書 類 の 名 称 又 は 種 類 | 部数 |
| 1 | 設立登記完了届出書 （特定非営利活動促進法施行条例施行規則第2号様式） |
1部 |
| 2 | 設立登記したことを証する登記簿謄本（現在事項全部証明書） （所轄庁）×1部 （閲覧用）×1部 |
2部 |
| 3 | 定款（閲覧用） | 1部 |
| 4 | 設立当初の財産目録（閲覧用） ※標題中の「平成○○年度」を「設立当初の」に書き換える |
1部 |
③税務関係の手続き
| No. | 届 出 書 類 | 提 出 時 期 | 届 出 先 |
| 1 | 収益事業開始届（法人税法上の収益事業を実施する場合のみ） | 収益事業を開始したときから2ヶ月以内 | 事務所所在地を管轄する各地の税務署 |
| 2 | 棚卸資産の評価方法の届出（〃） | 収益事業を開始後最初に到来する確定申告期限まで | |
| 3 | 減価償却の償却方法の届出（〃） | ||
| 4 | 給与支払い事務所等の開設届出（有給の職員を雇用する場合のみ） | 給与支払開始日から1ヶ月以内 | |
| 5 | 青色申告の承認申請書 | 事業年度が終了する日の前日か、収益事業を開始した日から3ヶ月以内のどちらか早い方 | |
| 6 | 法人設立届 | 法人設立日から15日以内 | 事務所所在地を管轄する各県税事務所 |
| 7 | 収益事業開始申告書（収益事業を実施する場合のみ） | 収益事業を開始した日から15日以内 | |
| 8 | 法人設立申告書（市町村により名称が異なる場合あり） | 法人設立の日から2ヶ月以内 | 事務所が所在する市町村役場 |
| 9 | 法人・事務所等異動届（収益事業開始届） | 収益事業を開始した場合に遅滞なく |
④社会保険関係の手続き
NPO法人が職員を雇用する場合に必要になってきます。ただし、法人の事業内容により必要かどうかが変わってきます。まずは法人の雇用人数、事業内容が保険が適用されるかどうか検討してください。
・保険関係が成立する場合
法律（健康保険法第13条、厚生年金法第6条）に列挙された事業を行う事業所で、法人で1人以上、個人で5人以上の常勤の従業員を使用している場合は、強制適用事業になり届出が必要になります。パート、アルバイトの場合週の所定労働時間が20時間以上30時間未満、1年以上雇用が見込まれる場合は短期間費労働保険者となります。
※列挙事業に該当しない場合は、加入は任意となります。加入しない場合の職員は、国民健康保険、国民年金に加入するということになります。
| No. | 届 出 書 類 | 提 出 時 期 | 届 出 先 |
| 1 | 健康保険・厚生年金保険新規適用届 | 従業員が常時１名以上になったのその日から5日以内 | 社会保険事務所 |
| 2 | 新規適用事業所現状書 | ||
| 3 | 被保険者資格取得届 | ||
| 4 | 被扶養者（異動）届 | ||
| 5 | 保険料納入告知書送付依頼書 など |
⑤労働保険関係の手続き
NPO法人が継続的に事業を行い、有給職員を1人でも雇用すると、労働基準法第8条に定める「適用事業」となり、使用者は労働基準監督所に届出を提出しなければいけません。また、労災保険、雇用保険等も適用事業とされますので、それぞれ届出を提出することになります。
| No. | 届 出 書 類 | 提 出 時 期 | 届 出 先 |
| 1 | 労働保険 保険関係成立届 | 労働関係が成立した日から10日以内 | 労働基準監督所 |
| 2 | 労働保険料申告書 | ||
| 3 | 雇用保険適用事業所設置届 | 労働関係が成立した日の翌日から１０日以内 | 公共職業安定所 |
| 4 | 雇用保険被保険者資格取得届（1人につき1通） |
⑥その他
NPO法人の事業内容によっては、法律等に基づく許認可や登録が必要となる場合があります。事前に十分に調査をして遺漏のないように注意してください。