NPO法人が解散したときは、NPO法人所有の不動産、預貯金、負債等を清算しなければいけません。合併及び破産の場合を除いて、理事（定款に定めがあるとき又は社員総会において他の者を選任したときは、定め又は選任された者）が清算人になります。
＜清算人の役割＞
・現務の結了
・債権の取立及び債務の弁済
清算人は、就職の日から2ヶ月以内に少なくとも3回は定款に定める方法により公告。債権者に対して2ヶ月以上の一定期間内に債権請求の申し出をする旨を催告する必要があります。またこの公告には、債権者が期間内に申し出をしないときにはその債権は清算から除斥される旨を附記しなければいけません。
清算の際に分かっている債権者には、個別にその申し出を催告する必要があります。
・残余財産の引渡しを行うために必要な行為
解散時の残余財産は、合併及び破産の場合を除き、所轄庁に清算結了の届出の時において、定款で定める帰属先に帰属します。定款に残余財産の帰属先に関する規定がない時は、清算人は所轄庁に次の申請書を提出し認証を得ると、その財産を国又は地方公共団体に譲渡することが出来ます。
| No. | 提 出 書 類 の 名 称 又 は 種 類 | 提出部数 | 提出時期 | 提出先 |
| 1 | 残余財産譲渡認証申請書 （特定非営利活動促進法施行条例施行規則第9号様式） |
1部 | 清算結了届出の時 | 所轄庁 |
・清算中に就職した清算人の届出
| No. | 提 出 書 類 の 名 称 又 は 種 類 | 提出部数 | 提出時期 | 提出先 |
| 1 | 清算就職届書 （特定非営利活動促進法施行条例施行規則第12号様式） |
1部 | 清算人に就職した後 | 所轄庁 |
| 2 | 清算人の登記をしたことを証する登記簿謄本 | 1部 |
・清算が結了したときの届出
| No. | 提 出 書 類 の 名 称 又 は 種 類 | 提出部数 | 提出時期 | 提出先 |
| 1 | 清算結了届出書 （特定非営利活動促進法施行条例施行規則第13号様式） |
1部 | 清算が結了した時 | 所轄庁 |
| 2 | 清算結了の登記をしたことを証する登記簿謄本 | 1部 |
・清算中のNPO法人が破産に至ったとき
清算人は直ちに破産宣告の請求を裁判所に対して行いその旨を公告する。