他の団体と一緒になって、大きな活動をしていきたい、又は自分の団体だけでは財産的に厳しいので、他の団体と一緒になりたい等の場合、NPO法人は、他のNPO法人と合併することが出来ます。まずはNPO法人が合併するまでに必要な手続を、以下にまとめました。
| 「社員総会」 社員総数の4分の3以上の多数をもって決議 （定款に特別の定めがある場合は、定款にのっとる） |
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| 「申請書類の作成」 合併の決議をした社員総会の議事録の他に合併認証申請書、定款等の必要な書類の作成 |
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所轄庁へ申請
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| 「所轄庁による申請受理」 設立認証申請と同様に、公告及び2ヶ月の縦覧 縦覧の後、2ヶ月以内に認証・不認証の決定を通知 |
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| 「通知の受理」 ・「認証」の場合 申請団体は認証を受けると2週間以内に、合併後存続する団体は「変更の登記」を、合併により消滅する団体は「解散の登記」を、合併により設立した団体には「設立登記」の申請を法務局に行います。 登記が終了すると遅滞なく所轄庁に対して「合併登記完了届出」を提出します。 ・「不認証」の場合 不認証理由が書類の不備等によるものならば、修正をして所轄庁に対して再申請を行います（団体での再協議及び申請書類修正）。 不認証理由がその他の場合で不服があれば、所轄庁に対して行政不服審査法に基づく不服申立て（異議申立て）を行います。 |