合併の認証申請には下記の書類が必要です。設立のときとほとんど同じ物なので、要領は比較的分かりやすいと思います。
| 提出書類の名称又は種類 | 提出部数 | 提出先 |
| 合併認証申請書 （特定非営利活動促進法施行条例施行規則第10号様式） |
1部 | 所轄庁 |
| 定款 | 2部 | |
| 役員名簿 （役員の氏名及び住所又は居住並びに各役員についての報酬の有無を記載した名簿） |
2部 | |
| 各役員（役員全員分）の就任承諾及び宣誓書の謄本（写し） | 1部 | |
| 各役員（役員全員部）の住所又は居住を証する書面 （住民票又は住民票記載事項証明書で、申請日前6ヶ月以内の発行のもの） |
1部 | |
| 社員のうち10人以上の者の名簿 | 1部 | |
| 確認書 （法第2条第2項第2号及び第12条第1項第3号に該当することを示す書面） |
1部 | |
| 合併趣旨書 | 2部 | |
| 合併の決議をした社員総会の議事録の謄本 | 1部 | |
| 合併初年度及び翌事業年度の事業計画書（2事業年度分） | 2部 | |
| 合併初年度及び翌事業年度の事業収支予算書（2事業年度分） | 2部 |
※合併後に他県に新たに事務所を設置する場合など、所轄庁の変更を伴う合併の場合は、提出は本来の所轄庁で、認証手続きは変更後の所轄庁が行います。